La storia di questo paese nacque intorno al XI, quando la potente famiglia Di Vico, Ufficiali Prefetti di Roma, fece costruire un castello su di un'altura, per controllare la piana del Tevere, luogo da cui si temeva potessero giungere attacchi offensivi.
Isolati e palesemente esposti, vivevano nei dintorni del castello, famiglie di pastori e contadini, che impauriti dalle scorribande di soldati, potenti e prepotenti famiglie, chiesero ottenendolo, il permesso di costruire case lungo il pendio dietro il castello. Questo favorì così la costituzione di una vera e propria comunità .
Nel corso degli anni, grazie alla ricchezza idrica del territorio, fu particolarmente favorita la coltivazione e la produzione della canapa.
Il prodotto venne trattato con talmente tanta eccellenza, che la città cominciò ad essere indicata come la canapina per eccellenza. Da qui il nome "Canepina".
Intorno al 1332 il castello di Canepina venne ceduto dai Viterbesi alla Santa Sede, senza che questo compromettesse il rapporto tra i due paese.
I Viterbesi infatti tornarono con ancora più veemenza a rivendicare i propri diritti su Canepina.
Nel 1944 Canepina subi un bombardamento aereo dalle forze alleate che colpì il centro abitato e costò la vita a 115 persone.
