Il nome della cittadina di Canino apparve per la prima volta in una Bolla Papale del IX secolo a.C. di Papa Leone IV.
Pur non avendo documenti certi, l’origine di Canino è da legare alla vicina città etrusca di Vulci. L’ipotesi maggiormente sostenuta è quella secondo cui Canino nacque come piccolo villaggio agricolo, detto pagus, prendendo il nome di una delle più importanti famiglie della città di Vulci, la “gens Caninia”.
Le incursioni dei Romani e la progressiva decadenza del più grande centro di Vulci, spinsero la popolazione verso altri centri tra cui quello dell’originario villaggio agricolo di Canino, che con il tempo assunse sempre maggiore importanza.
La cittĂ visse un periodo di splendore sotto i Farnese e dette i natali ad Alessandro Farnese, pĂą noto come Papa Paolo III.
Nei primi anni dell' 800 ospitò Luciano Bonaparte, fratello di Napoleone, a cui venne conferito il titolo di Principe di Canino. I monumenti funebri di Luciano Bonaparte si trovano all'interno della Cappella Bonaparte, presso la Colleggiata dei SS. Apostoli Giovanni e Andrea, risalente alla fine del '700.
I titoli di principe di Canino e Musignano passarono successivamente ai Torlonia