L’analisi etimologica le attribuisce origini romane, legate ad un antico centro di nome Cellae Cerris. Un’altra ipotesi invece farebbe discendere il paese da Cerere, la dea delle messi.
Tuttavia le prime notizie ufficiali, risalgono all VIII sec., quando in un atto di compravendita risalente a marzo del 738 d.C. appare per la prima volta “Cellulis”.
Durante il Medioevo il paese rimase per un certo periodo sotto il dominio di Viterbo, mentre nel 1254, la zona divenne possedimento di Toscanella (l’attuale Tuscania).
Nel Trecento la storia di Cellere incontrò quella dei Farnese e nel 1537, Papa Paolo III (Alessandro Farnese), incluse il paese nel Ducato di Castro.
Nel 1649, in seguito alla distruzione del Ducato di Castro, il paese tornò alla Santa Sede fino a che nel 1788 non venne concessa in enfiteusi al marchese Casali Patriarca.
A fine XIX secolo venne poi annesso, come molti dei paese del territorio della Tuscia, al Regno di Italia.