Il territorio di Farnese fu abitato fin dall’ epoca del Bronzo (XII-X Sec. a.C) di cui si ha testimonianza grazie alle numerose tracce di un esteso villaggio di capanne e di frammenti di ceramiche.
In epoca etrusca il territorio di Farnese era sotto il dominio vulcente. Molti ritrovamenti etruschi sono stati individuati lungo il corso del fiume Olpeta, tra questi le necropoli di Navilgione e Palomabro e la tomba monumentale del Gottimo.
Dopo la conquista romana di Vulci, nel 280 a.C., anche il territorio di Farnese passò a Roma. Nell’età repubblicana e per tutto il periodo imperiale nacquero numerose villae rusticae, fattorie e pagi.
In epoca medievale si insediarono i Longobardi, sui resti delle fattorie e ville romane; intorno al 817 d.C. Farnese entrò a far parte della “Tuscia Langobardorum” .
Per tutto il XIII Farnese fu sottomessa ad Orvieto; risale a questo periodo l’inizio della presenza della famiglia Farnese, a cui si devono numerose costruzioni all’interno della cittadina.
La fortuna della famiglia inizia con Ranuccio, nonno di Papa Paolo III (Alessandro Farnese, eletto Papa nel 1534): Ranuccio divenne infatti banchiere della Camera Apostolica.
Il primo vero e proprio signore di Farnese fu Pier Bertoldo e uno dei suoi figli, Galeazzo II, fu il promotore di importanti norme sull’ amministrazione del feudo. A Mario Farnese poi sono dovuti alcuni Statuti ed edifici, come il convento dei Cappuccini, la costruzione di un nuovo quartiere del Borgo.
La gloria di Farnese però era destinata a finire e il Ducato di Farnese venne ceduto al Cardinale Flaminio Chigi.
Nel 1798 le truppe napoleoniche tolsero il possesso di Farnese ai Chigi. Più tardi il paese fece parte della Repubblica Romana, per poi tornare sotto il dominio della Chiesa. Venne poi acquistato dai Torlonia e dopo l’Unità d’Italia, passò allo Stato Italiano.