Nelle zona di Graffignano sono presenti ingenti testimonianze dell’epoca etrusca e romana. Lo stesso nome di Graffignano (Carfinianum) fa pensare che il territorio fosse stato di proprietà di un dominus romano: Carfinius.
Le prime notizie storiche si hanno solo intorno alla seconda metà del XIII sec., quando la famiglia Baglioni di Castel Piero, i cui possedimenti comprendevano anche la Rocca di Graffignano, si sottomisero a Viterbo.
Ormai di proprietà di Viterbo, Graffignano nel XIV dovette condividere le sorti belliche del comune che si oppose a Orvieto.
Tra il XV e il XVI ci furono numerose dispute territoriali che si conclusero solo quando Papa Adriano VI confiscò il feudo.
All’inizio del sec. XVII, il feudo venne ereditato dalla contessa Domitilla Cesi, imparentata con il celebre Federico Cesi, fondatore dell’ Accademia dei Lincei a Roma.
Verso la fine del XVII sec. il territorio passò alla famiglia Borromeo e nel 1741 il feudo divenne un principato e fu venduto al Principe Scipione Publicola di Santa Croce. Sotto il Principe il territorio ebbe nuova vita.
Nel 1809 le guerre napoleoniche portarono il comune di Graffignano all’interno del Dipartimento di Roma.
Nel XX sec. una forte crisi economica e le tragedie di due guerre mondiali, debilitarono Graffignano. In questi anni ci fu anche l’occupazione delle truppe naziste in ritirata da Roma.
Dalla proclamazione a Repubblica dello Stato Italiano fino ai nostri giorni, la situazione di Graffignano si è andata via via sempre più stabilizzando ed ora Graffignano è un fiorente paese immerso nel verde della campagna della Tuscia.