Le origini del paese risalgono all’ epoca etrusca, di cui fu un centro di primaria importanza. Originariamente era situato in prossimità del confine tra Vulci e Volsini e tra il VII e VIII a.C. conobbe un notevole sviluppo, testimoniato dall’ estensione delle necropoli circostanti.
Tra la metà del VI e III sec a.C. l’abitato attraversò un periodo di crisi dovuto alle difficoltà economiche che in quel periodo colpirono tutta l’Etruria e all’ espansionismo romano sul territorio volsinese.
L’antico insediamento rimase deserto già del VIII sec d.C. in concomitanza con le invasioni dei Longobardi, che spinsero la popolazione a spostarsi sulla vicina e sicura rupe, dove sorge l’attuale Grotte di Castro.
Il nome “Grotte di Castro”, deriva dal fatto che gli abitanti in fuga, privati di tutti i loro beni, furono costretti in un primo momento ad usare grotte come proprie dimore. Tuttavia bisogna attendere il 1077 per veder comparire su di un documento il nome “Grotte”.
Nel 1119 d.C. Grotte andò sotto il potere di Orvieto, come molti dei paesi circostanti e in seguito al saccheggio subito da Arrigo VII, nel 1186 venne costruita la cinta muraria.
Nel XVI secolo Grotte entrò a far parte del Ducato di Castro e nel 1537 andò sotto la famiglia Farnese. In questo periodo l’antico borgo medievale subì un grande sviluppo urbano con la costruzione del Palazzo Innocenzo Iuzzi e il palazzo del Vignola.
Sotto i Farnese, la cittadina conobbe un clima di pacifica convivenza, destinato a scomparire quando nel 1649, la città di Castro venne invasa e distrutta dalle truppe pontificie di Innocenzo X. Da questo momento tornò sotto il controllo della Santa Sede, fino alla presa di Roma e all’ annessione delle province laziali al regno di Italia nel 1870.
Da questo momento, il Comune, si trovò per tanto ad essere sottoposto allo Statuto Albertino, rimasto in vigore fino al 1946, quando si passò dallo stato monarchico alla Repubblica Italiana.