Le origini di Ischia di Castro risalgono al periodo etrusco, del quale rimangono alcune testimonianze di grande rilevanza storica ed artistica.
Tuttavia, si pensa che anche in epoca preistorica, il territorio di Ischia di Castro, venne abitato: alcuni reperti archeologici dell'epoca sono infatti state ritrovate lungo le rive del fiume Fiora.
Nel territorio si trovano anche alcune testimonianze di epoca romana, come una villa rustica, in località La Selvicciola.
Ma Ischia di Castro ha visto passare diverse popolazioni e culture, tra queste anche quella dei Longobardi, di cui ancora si ha traccia nei nomi di alcune località della campagna circostante.
Il paese ha visto anche il susseguirsi di diverse dominazioni e Signori.Basti pensare, che fece parte inizialmente del patrimonio di San Pietro, la famosa ripartizione che Papa Innocenzo III fece del patrimonio ecclesiastico, intorno all' XI sec.
Successivamente Ischia di Castro vide come signori proprietari Ranieri di Bartolomeo, proprietario del castello, poi i Conti Ildebrandini e alla fine del XIII secolo, i Farnese.
In epoca medievale, il borgo si cominciò ad estendere nei dintorni dell’antica rocca. Fu proprio qui che anni dopo i Farnese edificarono il proprio palazzo.
La dominazione dei Farnese però non fu sempre tranquilla, nel 1395 infatti, i cittadini di Ischia di Castro si ribellarono. Causa della ribellione furono i ripetuti soprusi, che soprattutto le donne ischiane subivano.
La rivolta portò all'uccisione di alcuni membri della famiglia Farnese e l'imprigionamento di altri.' Ma l'assedio non durò a lungo e i Farnese, si dice, con l'aiuto dei Signori delle Cervara, riottennero il dominio di Ischia.
Nel 1537 Paolo III Farnese, creò il Ducato di Castro, affidandone la gestione al figlio Pier Luigi. Venne scelta come capitale del Ducato, Castro.
La città venne costruita da Antonio San Gallo il Giovane. Fu così che venne realizzata un’opera urbanistica non indifferente.
Alla morte di Sangallo nel 1546 anche se la città era quasi terminata, Pier Luigi si trasferì Piacenza. Qui venne ucciso due anni dopo. Poiché suo padre, Paolo III, era ormai vecchio, il ducato passò in mano all’ altro figlio, Ottavio.
Ottavio non fu però in grado di gestire il patrimonio affidatogli.
In contrasto con la Chiesa, i Farnese riuscirono a mantenere il dominio su Ischia di Castro fino al 1649, quando Innocenzo X, ordinò la distruzione della Città di Castro.
In questo periodo Ischia di Castro, venne inclusa all'interno della Reverenda Camera Apostolica.
Da questo momento in poi, il paese si vide diventare parte del dipartimento del Cimino intorno alla fine del 1700 e successivamente di quello di Roma, ad inizio 1800.
Alla fine dopo una serie di peripezie, il paese venne annesso nel 1870 al Regno di Italia, successivamente passò come provincia di Roma, ma solo fino al 1927, periodo in cui invece divenne provincia di Viterbo.
