Sul territorio, come in gran parte della Tuscia, sono state ritrovate molte testimonianze di insediamenti etruschi e di età Imperiale.
Alcuni resti di un antica residenza di campagna, risalente al III o IV sec. d.C., sono a dimostrazione della vita agricola e sociale dell’epoca, quando il latifondismo romano si sostituì completamente all’economia etrusca.
Le origini del paese vero e proprio, risalgono al XVI secolo, quando il pontefice Leone X, concesse questo e alcuni territori circostanti a Renzo da Ceri, della famiglia Anguillara-Orsini, come premio per i servigi prestati alla Chiesa.
La zona quindi cominciò a ripopolarsi grazie alle numerose famiglie di coloni. Successivamente, per mancanza di eredi, il paese tornò tra i possedimenti della Camera Apostolica che lo diede in affitto.
Intorno XVII sec. l’insediamento diventa Comune con il nome di S.Giovanni di Bieda, nome che verrà mantenuto fino al 1961, quando verrà trasformato in Villa San Giovanni in Tuscia.
Il paese costituisce uno splendido esempio di borgo medievale. Definito da una strada principale fiancheggiata da due strade parallele secondarie, cui si accede attraverso la porta Romana, che si apre su robuste mura fortificate con torri cilindriche e quadrate.
Fino al XV secolo si susseguirono lotte tra le signorie dei Farolfo di Viterbo e dei Di Vico, Prefetti di Roma, per il possesso del feudo. Dal 1283 al XIX secolo il paese rimane assoggettato al diritto feudale di Roma, motivo per cui ancor oggi conserva l’epiteto “Romano”.
